问：发现海关总署发布的总署令与商务部发布的商务部令条文有冲突，以谁为准？
答：根据《中华人民共和国立法法》，部门规章之间具有同等效力，在各自的权限范围内施行。因此，如果你所述条文是关于进出口监督管理方面的事项，则适用海关总署规章。
