根据海关总署公告2021年第88号（关于公布《海关高级认证企业标准》的公告 ），海关高级认证企业《通用标准》要求“企业相关人员2年内未因故意犯罪受过刑事处罚。”醉驾属于故意犯，如果您所述情况最终确定被刑事处罚，会对公司通过高级认证产生不利影响。
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