您好，由境外进入保税区是不需要农产品进口关税配额证的。根据《农产品进口关税配额管理暂行办法》第九条规定：由境外进入保税监管场所、海关特殊监管区域的产品，免予领取《农产品进口关税配额证》。
以上回答仅供参考，不作为正式的法律意见。
