根据《中华人民共和国加工贸易货物监管办法》规定，已经加工的保税进口料件不得进行退换。

《中华人民共和国海关关于加工贸易边角料、剩余料件、残次品、副产品和受灾保税货物的管理办法》规定，加工贸易企业需要内销残次品的，根据其对应的进口料件价值，金额占该加工贸易合同项下实际进口料件总额3%以内（含3%），并且总值在人民币1万元以下（含1万元）的，由主管海关按照规定计征税款和税款缓税利息后予以核销，免于提交许可证件；金额占该加工贸易合同项下实际进口料件总额3%以上或者总值在人民币1万元以上的，海关按照规定计征税款和缓税利息，属于进口许可证件管理的，企业还应当按照规定取得有关进口许可证件。

加工贸易企业因故申请将边角料、剩余料件、残次品、副产品或者受灾保税货物退运出境的，海关按照退运的有关规定办理，凭有关退运证明材料办理核销手续。

加工贸易企业因故无法内销或者退运的边角料、剩余料件、残次品、副产品或者受灾保税货物，由加工贸易企业委托具有法定资质的单位进行销毁处置，海关凭相关单证、处置单位出具的接收单据和处置证明等资料办理核销手续。

因此，对于已经加工的瑕疵保税料件，其成品是残次品的，依法退运或按规定销毁更符合企业利益。