根据《中华人民共和国海关审定完税价格办法》规定，进口货物的完税价格，由海关以该货物的成交价格为基础审查确定，并且应当包括货物运抵中华人民共和国境内输入地点起卸前的运输及其相关费用、保险费。这里的起卸前是指货物起卸行为开始之前。
根据你所述的“香港提货后经由深圳报关运输至东莞”可以确定，到达深圳并完成报关之后，货物已完成通关。因此，深圳至东莞段的运输属于境内运输。尽管香港提货后至东莞的运输费用为合并支付，仍然应当按照买方实际支付或者应当支付的费用计算。如果进口货物的运输及其相关费用无法确定的，海关应当按照该货物进口同期的正常运输成本审查确定。
