知识产权权利人申请知识产权海关保护备案，需向海关总署提交申请书，申请书包含的内容参照<中华人民共和国海关关于《中华人民共和国知识产权海关保护条例》的实施办法>第六条的相关规定，同时知识产权权利人向海关总署提交备案申请书应当随附<中华人民共和国海关关于《中华人民共和国知识产权海关保护条例》的实施办法>第七条所提及的相关文件。
海关总署自收到全部申请文件之日起30个工作日内作出是否准予备案的决定，并书面通知申请人，不予备案的，应当说明理由。
