根据我国《知识产权海关保护条例》规定，知识产权权利人有权请求海关对其知识产权采取保护措施，我国知识产权海关保护措施和《与贸易相关的知识产权协定》规定基本一致，分为依申请的保护和依职权的保护两种模式。这两种模式主要根据知识产权权利人是否主动申请来分类，如果知识产权权利人主动申请则是依申请模式，海关将根据知识产权权利人的申请启动海关执法程序。如果是海关主动执法则是依职权模式，即海关有权主动启动和查处进出口侵权货物的执法程序。
一、依职权保护模式
依职权保护是指海关在对进出口货物的监管过程中，对涉嫌侵犯在海关总署备案的知识产权的进出口货物主动采取的扣留和调查处理的措施。海关在知识产权人启动私力救济前所实施的扣留等行政行为具有准司法行为的性质。依职权保护模式启动的一般情况是海关发现某批货物涉嫌侵犯已备案货物的知识产权，即采取终止通关措施进行检查，然后海关会对货物是否侵权进行调查认定，最后海关会根据侵权的具体情况处置货物、结算费用以及退还担保。
依职权保护也称为“主动保护模式”，当知识产权人在向海关总署进行知识产权备案后，海关部门在对过境货物进行日常监管的过程中，发现有侵犯知识产权的嫌疑货物时，即可主动启动知识产权执法，无需经过知识产权人同意，而是在对侵权嫌疑货物实施扣留等措施后再通知知识产权人。这种模式不仅体现了海关对知识产权人负责任的态度，更体现了国家公权力对侵犯知识产权行为的打击力度，是海关承担国家责任的一种体现。
二、依申请保护模式
依申请保护是指知识产权权利人发现侵权嫌疑货物即将进出口后向海关提出申请，海关根据其申请对侵权嫌疑货物实施扣留的措施。依申请保护模式的启动一般情况是先权利人向海关提出侵权保护申请并提供担保后，海关才会依申请扣留货物，如果权利人向法院申请司法扣押，海关将协助法院进行司法扣押，如果最终认定法院被申请货物的确侵犯申请人的知识产权，海关会结算费用并退还担保。
依申请保护也称为“被动保护模式”，这种模式的启动不需要知识产权人提前向海关总署进行知识产权备案而是依据申请人的申请。至于对案件最后的处罚定性，当事海关的介入程度并不深，不会对扣留的侵权嫌疑货物是否真正存在侵犯知识产权的情况进行调查确认，主要还是依靠知识产权人通过民事诉讼程序解决，属私力救济。我国之所以采取主动保护与被动保护相结合的知识产权保护模式，一方面是借鉴国际的先进经验，充分尊重知识产权人的个人意愿。另一方面则是根据我国知识产权保护的实际状况，给予政府更多的责任担当，保证我国知识产权环境的良好发展。
