根据《海关法》第四十四条：“海关依照法律、行政法规的规定，对与进出境货物有关的知识产权实施保护”。在对侵犯注册商标专用权的保护上，一般理解为《商标法》是一般性规定，而《海关法》则是对特定区域、特定货物侵犯注册商标专用权作出的特别规定，按“特别法优于一般法”原则，您所述情况本案一般应适用《海关法》，由海关进行定性处理。按“一事不再罚”原则，工商部门不再对同一违法事实进行二次处罚。
