根据海关总署相关宣传资料，中国海关保护知识产权的职能设置有三级：海关总署政策法规司，主要是管理、指导和监督全国海关此项工作，并具体办理知识产权海关保护备案；各直属海关法规处（法律室），具体负责本关区的该项工作；各基层一线海关的通关、查验部门是除直属海关法规处（室）外的直接执行者，负责进行风险分析、实施查验等。权利人发现侵权嫌疑货物即将进出口的，可以直接向货物进出境地的直属海关法规处（法律室）提出采取保护措施的申请。
