根据《中华人民共和国海关关于〈中华人民共和国知识产权海关保护条例〉的实施办法》，境外知识产权权利人向海关总署办理知识产权海关保护备案的，应当由其在境内设立的办事机构或者委托境内代理人提出申请。如果商标注册人是香港公司，那么应该由公司在内地设立的办事机构或者委托内地代理人提出备案的申请。
