根据海关总署、商务部、国家质量监督检验检疫总局2003年第81号公告的规定，“如果产品在原产地证书提交期限内己经进口，进口成员方有关政府机构可接受该原产地证书。”因此，如果你公司补充提交的原产地证书真实有效，符合上述期限，并且与实际进口货物对应，货物运输也符合上述公告关于“直接运输”的规定，货物应可以适用中国一东盟协定税率的。
