海关有权对企业备案项目中进口设备所生产的产品是否属于外商投资鼓励项目进行认定，认定的主要依据是《外商投资产业指导目录》。某一时期立项的外资企业鼓励项目，适用该时期公布的《外商投资产业指导目录》。如果企业所生产产品不符合《外商投资产业指导目录》鼓励类项目的，海关将不予办理免税项目备案，按非鼓励类项目申请备案。 当然，海关减免税审批是海关的一项行政许可，如贵司有充分的理由认为海关认定不符合规定，可以申请行政复议或提起行政诉讼。
